税务稽查基本程序包括选案、实施、审理和执行四大阶段。
一、选案
稽查选案是税务稽查的第一个环节，将具有普遍意义的人工税务稽查经验标准化和数据化，根据计算机占有的数据资料进行分析、对比、排列和组合，从中发现异常发出警报，列出税务稽查的重点对象。西方发达国家大都有税务稽查选案分析计算机系统，而且90％以上的税务稽查对象都是通过计算机充分筛选出来的。我国根据征管改革的总体规划和布置，在条件成熟的地区如青岛市等已开始运用已掌握的税务信息，建立起一个相对完整的计算机选案系统。总局也正在研制开发一个覆盖各个税种和各类纳税人的大型计算机选案系统。选出的稽查对象，还需人工分析，并且要进一步调查予以证实，这就转入稽查实施。
二、实施
稽查实施，即税务稽查人员按照税收法律、法规、规章及稽查方案所确定的稽查范围、种类、方式和内容等要求，依据稽查标准，采取科学有效的方法，有目标有步骤地进行稽查的实务操作活动。实施稽查可以采取多种方式，最基本的是案头审计、实地稽查或两者结而合之。案头审计，就是在办公室对纳税人、扣缴义务人的资料在计算机选案分析的基础上作进一步的审查。实地稽查，即通常所说的进户稽查，是指到纳税人的生产经营场所、货物存放地等地方稽查，也可以采取通知纳税人到一定的地方询问、调取账簿资料稽查等方式进行。实地稽查的权限、范围在《征管法》中有比较明确的规定，实施稽查中应建立工作底稿制度，即在稽查中对稽查的内容、采取的措施、发现的问题、被查对象的态度、稽查时间等顺时记录。稽查结束时要在税务稽查工作底稿的基础上制作《税务稽查报告》，说明被查对象的基本情况、案件的由来、主要违法事实、被查对象的态度、拟定处理意见等。然后将税务稽查报告连同工作底稿及其他有关资料提交审理部门审理。
三、审理
稽查审理，即税务机关专门机构按照职责分工，依法对纳税人、扣缴义务人或者其他当事人是否有违法行为，应否及处以什么样的行政处罚或者作其他处理的审查判断过程。审理的内容包括：(1)违法事实是否全部查清，证据是否确凿，数据是否准确，资料是否齐全；(2)适用法律、法规、规章是否得当；(3)是否符合法定程序；(4)拟定的处理意见是否得当。审理中发现事实不清，证据不足或者手续不齐等情况，应提出明确补充意见，通知稽查人员补充稽查，限期返回；不用再查的，审理人员应分两种情况处理：(1)一般性案件，由审理人员拟定《审理报告》，制作《税务处理决定书》；(2)大案、要案或者疑难案件，由集体审理后定案，案情复杂、定案困难的，应报经上级税务机关审理组织定案。
对拟做出税务行政处罚的，应《告知》当事人违法事实、拟定处罚及其法律依据、应享权利等有关事项，达到《税务行政处罚听证程序实施办法》规定数额标准的(对公民罚款二千元以上、对法人或其他组织罚款一万元以上，均含本数)，当事人有要求听证的权利，陈述或听证材料无异议的，由审理人员制作《审理报告》及《税务处理决定书》，陈述或听证材料有异议的，进行二次审理，重大案件由审理委员会再审，将审理结果制作《审理报告》及《税务处理决定书》交执行部门执行。
四、执行
处理决定执行，是税务稽查基本程序中的最后一个阶段，执行的具体内容依据《税务处理决定书》及《税务行政处罚决定书》。执行的程序：首先，向被执行对象送达有关《决定书》并监督其执行；第二，被执行对象自动履行的，执行完毕；第三，如果被执行对象逾期不自动履行《税务处理决定书》规定的内容，执行人员应依照《征管法》第40条的规定对逾期的税款连同滞纳金，采取强制执行措施；第四，如果纳税人及其他当事人不执行税务机关的处罚决定的，由税务机关根据《征管法》第88条第三款规定依照《征管法》第四十条强制执行，或者申请人民法院强制执行。执行完毕，执行人员应制作《执行报告》将有关情况向领导汇报并反馈给征管等有关部门。
（作者简介：刘天永，北京华税律师事务所税务律师，注册会计师，注册税务师；华税律师事务所是国内第一家专注于从事税务领域法律服务的专业化律师事务所。网址：www.taxlawyers.com.cn ,转载请注明来源。）